Στο ανατολικό άκρο του εσωτερικού περίβολου της ακρόπολης βρίσκεται, αναστηλωμένο σήμερα, το κτίσμα που στη βιβλιογραφία αναφέρεται ως «φυλάκιο». Πρόκειται για μια μεγάλη τετράπλευρη κατασκευή, μέσων διαστάσεων 12 επί 8 μ., με τα τοιχώματά της στη νότια και βόρεια πλευρά να καταλήγουν σε δύο τριγωνικά τύμπανα, που προβάλλουν αισθητά πάνω από τις επάλξεις. Είναι από τα κτίσματα που έχουν υποστεί στην πορεία του χρόνου διαρκείς μετατροπές και τροποποιήσεις, προκειμένου να ανταποκριθεί στις εκάστοτε απαιτήσεις της λειτουργίας του φρουρίου. Οι κατά καιρούς παρεμβάσεις είναι φανερές στην τοιχοποιία του. Στη σημερινή μορφή του η είσοδος στο φυλάκιο γίνεται από τον εσωτερικό περίβολο της ακρόπολης, με ένα ορθογώνιο άνοιγμα δίπλα στο οποίο υπάρχει παράθυρο.
Στην αρχική μορφή του φρουρίου, σ’ αυτό το χώρο πρέπει να υπήρχε μικρός πύργος («πυργίσκος»), με διαφορετική βέβαια μορφή. Αυτό προκύπτει με βεβαιότητα από την επιστολή του Βενετού πλοιάρχου Pietro Zen, ο οποίος περιέγραψε με λεπτομέρειες τη βενετική επίθεση και την κατάληψη του φρουρίου της «Cristopoli» τον Ιούλιο του 1425, καθώς και τον επίμαχο χώρο. Οι γενικές πληροφορίες των περιηγητών, κατά τους επόμενους αιώνες, μας επιτρέπουν να υποθέσουμε ότι στον ίδιο χώρο τοποθετήθηκαν αργότερα κανόνια που ήταν στραμμένα προς τη θάλασσα και την είσοδο του λιμανιού.
Στα μέσα του 19ου αιώνα υπήρχε εκεί ψηλός πύργος σκεπασμένος με τετρακλινή στέγη, που απεικονίζεται σε γκραβούρα του 1864. Σε φωτογραφία του 1918 το φυλάκιο εμφανίζεται σκεπασμένο με τον ίδιο τρόπο, αλλά με χαμηλωμένο ύψος και με παράθυρα, μορφή που προσεγγίζει τη σημερινή και ανταποκρίνεται περισσότερο στη χρήση του ως χώρου για τη φρουρά της ακρόπολης.
Κατά τη διάρκεια του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου μπροστά από το φυλάκιο κτίστηκαν δύο δωμάτια που χρησιμοποιήθηκαν ως γραφεία και που τοίχισαν τη είσοδό του. Κατεδαφίστηκαν μεταπολεμικά.
